继以政变旋作，肃顺坐叛逆被诛，于是同人星散。惟咸丰十年运在京亦为日不多，纵与肃顺气谊相投，非必有甚深之关系耳。民国三年，运应总统袁世凯之招，北上就职国史馆长，有《法源寺留春会宴集序》之作，文云：“法源寺者，故唐悯忠寺也。余以己未赁庑过夏，居及两年。其时夷患初兴，朝议和战，尹杏农主战，郭筠仙主和，而俱为清流，肃裕庭依违和战之间，而号为权臣，余为裕庭知赏，亦善尹郭，而号为肃党。然清议权谋，皆必有集，则多以法源为归。长夏宴游，悲歌薄醉，虽不同荆卿之饮燕市，要不同魏其之睨两宫。盖其时湘军方盛，曾胡犄角，天子忧勤，大臣补苴，犹喜金瓯之无缺也。俄而大沽失机，苏杭并陷，余同郭还湘，肃从西幸，京师被寇，龙髯莫攀，顾命八臣，俱从诛贬。自此东南渐定，号为中兴；余则息影山阿，不闻治乱。中间虽两至辇下，率无久留。垂暮之年，忽有游兴，越以甲寅三月，重谒金台。京国同人，既皆失职，其有事者，又异昔时，怀刺不知所投，认启不知所问。乃访旧迹，犹识寺门，遂请导师，代通鄙志，约以春尽之日，会于寺寮。丁香盛开，诤筵斯启，群英跫至，喜不遐遗，感往欣今，斐然有作，列其佳什，庶继兰亭，亦述所怀，以和友声云尔。”时年八十三矣。回顾五十余年前事，感慨系之，对于肃顺与己之关系，亦自道其梗概焉。至其咸丰十一年致书曾国藩，主张恭亲王奕当国，为国谋兼为肃顺谋，颇中利害。奕以皇叔而有能名，负重望，使肃顺辈礼下之，引与共事，垂帘之局，盖不易成。孝钦之能倾肃顺辈，正由厚结奕，使为己用耳。运怀此，不径向肃顺建议，而言诸曾国藩，亦见其与肃顺关系之非甚密切也。若夫说国藩以自请入觐，申明祖制，以阻太后之临朝，则殊迂阔而远于事情，国藩非卤莽之流，岂肯冒昧出此，自取咎戾耶？

李篁仙为运之友，“湘中五子”之一也，以部曹受肃顺之知遇，竟缘事被肃顺奏劾下狱，故运致书肃顺，代鸣不平。民国三年运为李氏遗诗作序，述所谓“湘中五子”并李氏受知于肃顺暨获咎情事有云：

余故少孤，为叔父所教育，九岁能文，而不喜制举程式，随例肄业城南书院。院长陈先生本钦，名儒也，专攻八比文，礼聘龙先生友夔助校课艺。龙先生熟精四书汇参之学，诸老翰林，如劳罗诸公，皆推服焉。或聚谈讲论，龙先生来，则莫敢先发言。而余与其长子臣交，及武冈二邓子，皆在城南讲舍，李君篁仙亦从其外兄丁果臣居院斋。篁仙早入学补廪生，臣亦举丙午乡试，下第还侍父，居内斋，皆谨饬，独余斥弛