不严重，只是內腹受到了冲击，只需要调养些时日即可痊愈。

随着江阴百姓的撤退，整个江南地区的反抗彻底销声匿迹，只有任思齐余孽退缩在崇明孤岛。

回到江宁之后，多铎和东南经略洪承畴交接了军务，当即率军撤往北京而去。自此江南一带就由东南经略洪承畴和平安大将军勒克德浑镇守。

洪承畴身为明臣多年，被崇祯委以总督的高位，常年带兵和农民军及满清交战，对军务自然无比熟稔。江南已定，唯有崇明岛上还有数万明军余孽，洪承畴立刻展开了针对崇明岛的部署。首先在扬州建立了江北大营，由固山额真准塔为将，负责防范崇明岛可能的北侵。其次重建吴淞城塞，委任吴胜兆为苏松提督，驻守在吴淞，从南面压制崇明岛。最后，洪承畴下令重开南京龙江船厂，打造战船，训练水兵。