基和沙千里的关系很不融洽，主要是沙千里年轻气盛，根本瞧不起半路加入却位居其上的刘肇基，经常在军议时顶撞刘肇基，没奈何，刘肇基便把沙千里发配到江阴城中。可是再怎么不喜欢沙千里，刘肇基也不敢任由沙千里被绿营兵消灭，毕竟沙千里是都督任思齐身边的老人，深受任思齐的喜爱。看到沙千里无恙，刘肇基的心才算放了下来。

看到崇明军主力前来，陈明遇命令周瑞珑、邵康公等将领重整乡兵队伍，自己急忙出城迎接刘肇基。二人相见，寒暄过后，陈明遇极力邀请刘肇基带兵进入江阴，甘愿把指挥权让给刘肇基，从此刘肇基就是江阴的最高统帅。

刘肇基微微一笑，拒绝了陈明遇的提议，言说要追击逃走刘良佐部，并攻略常州。刘肇基并未入城，率领属下主力向南追击而去，把残破的沙千里营留下休整。

经过刚刚的大败，陈明遇知道自己根本没有领兵之才，便重新想起智勇双全的前典史阎应元来。于是趁着清军撤去，陈明遇亲自前往阎应元隐居的祝塘，拜会阎应元。对陈明遇的邀请，阎应元慨然答应了下来，聚乡中少年六百余人，并带着全家来到了江阴城。

到达江阴之后，陈明遇力排众议，推举阎应元为江阴统帅。阎应元接管权力之后，立刻开始布置城防，首先派人详查城中青壮人数，挑选年轻力壮者组成乡兵，得乡兵三万余人。然后分派人手，三万乡兵分班上城防守，每个垛口固定十个士兵，按时换班。由武举人王公略守东门，崇明军营正沙千里守北门，陈明遇守西门，应元自任守南门，其他将领周瑞珑、邵康公各自负责一段城墙。委任训导冯厚敦为总管，在许用等诸生的协助下负责全城粮饷军械后勤事宜。

严格盘查城内人等，查出以顾元泌为首的细作数十人，悉数杀之。

在阎应元的指挥下，江阴城一切变得井井有条，军民们爆发出极大的抗清热情。

沙千里部因为损失惨重被留在江阴休整。这支崇明军和清兵苦战的情形看在所有江阴百姓的眼中，对于这支英勇的军队江阴军民都心生敬慕，无数的城中少年涌到北门要求加入崇明军。

手下死伤惨重自然需要重新扩充，沙千里从报名的少年中，，挑选出孔武有力者五百余人纳入军中，一营的千人编制重新完整。对这些新加入的少年，沙千里提出了一个要求，就是必须把家人搬到崇明岛。

对于这些人的疑问，沙千里是这样解释的，加入崇明军后肯定会和清兵连续大战，伤亡在所难免，若是家人搬到崇明，则不论受伤还是战死，家人都