中，就不存在指挥机构并行的毛病了。在新的军事体制中，已经取消了地方军，并且集中了军队的指挥大权。这样一来，军队与政府就完全分离了，并且相互不干涉，政府所控制的将是今后成立的警察部队，军队则不负责国内治安任务，进一步消除了军队干涉政务的危险性。当然，最主要的，还是强化了帝国军队的战斗力。

三级隶属制中，国防部将负责全国所有军队的人事安排，卫戍部队的调动，以及军队的后勤物资供应，军人薪饷的发放等等。总参谋部则负责军队作战计划的制订，向国防部提交人事调动的请求，以及在战争时期负责军队作战的指挥工作，在和平时期根据假想敌的制订相关的作战计划，以及负责军队的训练，演习等工作。这两个部门中，国防部本身是由帝国内阁政府控制的，并且由国防部长直接向内阁总理负责（实际上是向皇帝负责）。总参谋部本身就直接向皇帝负责，而不需要向内阁总理负责。显然，军队的人事，以及指挥大权分属两个部门，而且分成了战时体制与非战时体制。不管是哪套体制，最终，军队的控制大权是掌握在皇帝手里的，这就是说，朱祁钰为控制军队加了一道双保险！

在新的军制中，占主要地位的仍然是帝国中央军。不过，朱祁钰则取消了中央军以集团军为最高编制的方式，准确地说，应该是为集团军换了个名宇，换上了更具有帝国特点的名宇。另外，各军的名称也有所变化。第一集团军改编为青龙军团，仍然由卫平担任司令官，陈豫为副司令。下辖谢正卿的第一混成军，陈豫的第二重骑兵军，卫平的第三重步兵军，马寿成的第二十一轻骑兵军（前西北骑兵军团的第一军），巴克尔的第十六轻骑兵军（前蒙古军团的第一军），以及各军团直属部队。

第二集团军改编为朱雀军团，仍然由罗国栋担任司令，杨天奉为副司令。下辖罗国栋的第四轻步兵军，杨天奉的第五重骑兵军，严广儒的第六轻步兵军，李天长的第二十二轻骑兵军（前西北骑兵军团的第二军），呼罗暂的第十七轻骑兵军（前蒙古军团的第二军），以及各军团直属部队。

第三集团军改编为白虎军团，仍然由田宗担任司令，胡沱为副司令。下辖田宗的第七轻步兵军，胡沱的第八重步兵军，张国涛的第九轻骑兵军，郭诤的第二十三轻骑兵军（前西北骑兵军团的第三军），哲别的第十八轻骑兵军（前蒙古军团的第三军），以及各军团直属部队。

第四集团军改编为玄武军团，由卫广担任司令，万军平为副司令。下辖肖国清的第十轻步兵军，万军平的第十一轻步兵