他就接到西王的密令，让他不必理会英国人继续攻占广州，若英军舰队再来寻衅，水师可以不记损失的坚决还击。是以陈玉成到了广州之后，迅速展开兵力横扫广州。

也亏得第三师张文祥部先期打下的基础良好。陈玉成后续兵马在广州登岸时并没有遭到太大的抵抗，加上民心所向，广州之役便在短短的时日内结束了。

攻占广州之后，陈玉成留下第二师一部兵力会同水师镇守广州，其余兵马分三个方向横扫广东。第一路是原小刀会将领陈阿林率领的第一师，他们向东攻打，准备打到福建和广东接邻之处，会同准备从福建南下的原红巾军陈开部兵马。一同围歼在潮州、梅州等地苟延残喘的福建巡抚王懿德、李廷钰部清军。第二路以陈知命的第二师一部为主力，往北横扫打通与江西的联系，清剿北部清军，争取让广东、福建和江西连成一片。第三路以张文祥的第三师为主力，往西攻打肇庆等地，准备进军广西。

由于广州一役太平军忽然登陆作战，广东府道台总兵等高级将官悉数被太平军杀死或俘虏。清军在广东的指挥系统陷于瘫痪，各地清军互不统属，各自为战，结果自然是可想而知的。

七月至八月间。太平军三路大军横扫广东，除了东路军在潮州、梅州等地遭到清军李廷钰部强力抵抗之外，其余各路都进展顺利。到得八月底，广东清军基本被肃清，梅州也被攻克，福建巡抚王懿德等官吏自杀，只剩下清军老将李廷钰镇守孤城潮州，但也是被太平军团团包围。

广州被攻陷之后，萧云贵仿上海、宁波等通商口岸成例，单独成立了广州军政司治理广州，派遣卢贤拔接任广州军政司司长，李天熙为广州卫戍部队统兵大将，成立南海舰队，唐正财为舰队提督。而罗大纲率领大部分舰队返回上海之后，原来上海的舰队便升格为东海舰队。

卢贤拔到任后，照搬了上海的成例，迅速接管海关，成立粤海关，废除苛捐杂税，鼓励工商发展，得到了广东商民百姓们的支持。同时广州富庶，仅仅在广州满清海关衙门内就搜出白银一百余万两，随着一大批广州官员的府衙被查抄之后，太平军总计得了五百余万两的钱粮财物。

同时广州城内也有满城，太平军这一次并没有对广州的满城进行大肆屠戮，在攻入满城之后，除了将顽抗分子坚决剿灭之外，大部分满城的旗民们选择了投降，而太平军也接受了他们的投降。

旗民们投降之后，财物大部分被查抄，十余万旗民被驱赶出满城，分散安置到广东几处较大的矿产区从事采矿等繁重的劳作。广