攻取苏杭之后，从苏州、嘉兴两地合围上海，最后在上海会师。

随着天王和东王大军到了芜湖，沿江城池的西殿人马尽数东撤，各处镇守的西殿将领重新回到了西王麾下，只有李以文部在得稍远，没赶上东征，西王就命李以文镇守南京，等候天王、东王大军到来。镇江、瓜洲分别由罗大纲、朱锡能两将镇守，连同水营都在镇江驻扎，大部水营船支都没有参加东征。

萧云贵率兵东进之后，沿途清军抵抗甚微，原来清军统帅向荣感到兵力不足，面对太平军两路凌厉的攻势，只得退守重要城池，固守待援。向荣的安排也是兵分两路，一路由张国梁率领和新任江苏巡抚许乃钊等退守苏州，另一路他亲自率领，和杭州将军都兴阿一道镇守杭州。向荣是想让沿途的城池分薄太平军的兵力，然后在坚固的大城之下和两路来势汹汹的太平军决战。

但萧云贵和左宗棠并未分薄兵力，沿途所占丹徒、常州、无锡等城池，皆有南京后续赶来的西殿兵马进驻，李以文一边调配兵马进驻攻占的城池，一面准备迎接天王和东王。两路东征大队并未分薄兵力，仅十余日功夫，萧云贵已经打到了苏州城下，林凤祥和李开芳也打到了杭州城下。

江苏巡抚许乃钊同张国梁部清军早早的退守苏州，才到苏州，张国梁就以同太平军作战多年的经验，命大名镇总兵马德昭“首令民装，次令迁徙，三令纵火”，准备将城外民居烧成白地，以防太平军凭借这些民居庐舍接近城墙攻城。

马德昭遵令纵火，顷刻间，号称“人世间一二等风流富贵之地”的阊门外南濠街、山塘至虎丘一线，阊门内中市街至接驾桥、吴趋坊等处市肆被化为灰烬，清军一些游兵散勇乘机大肆洗劫，苏州百姓悉数被强令迁往城内，一时间民间百姓怨声载道。

萧云贵兵到之后，便和张国梁部清军展开争夺城外险要地营垒的战事。此次出征，萧云贵将从文翰那里所得的洋炮分为两部，一部七门火炮交给林凤祥、李开芳使用，剩下的十门随他出征。到了苏州城下后，萧云贵便命炮队将洋炮展开，对着山塘、虎丘等要地的清军城外营垒猛轰。

哈米尔士号上的这种洋炮是当时英国海军主流装备的24磅后装膛线火炮。1846年，意大利少校卡韦利造出了一种在炮膛内刻有两条旋转来复线，使用圆柱形炮弹后膛装填的后膛来复线式火炮，使火炮技术有了变革性的飞跃。不久，英国制炮商惠特沃斯也生产了一门后膛装填的线膛炮，不过，他是用盘旋的6角炮膛来代替旋转的来复线的。同前装炮相比，后装炮由炮口装