“赐额”的殊荣，而步入石鼓书院的“鼎盛”时期，成为当时与睢阳、岳麓、白鹿洞齐名的宋朝四大书院之首。

时至清初，经略大臣洪承畴挥兵南下攻打南明，将石鼓书院作为军事指挥所。同年偏沅巡抚袁廓宇上奏清廷，申请重建石鼓书院，衡阳县知县余天溥具体负责修复工程。此时，山上建有合江亭、禹王碑、武侯祠、大观楼、会讲堂、忠节祠、七贤祠等建筑。石鼓书院为清政府允许恢复的第一家书院，这一时期，书院科举化，石鼓书院成为传授举业、培养科举人才的书香之地。

萧云贵沉吟片刻道：“左先生，这石鼓书院据你所说乃是满清入关之后恢复的第一所书院，便是代表着满清奴性儒学的根基所在，就算毁了也罢，本王答应你，将来我们会在这里再建一所书院，恢复宋朝时候那样的书院，也是我们汉人自己的书院！里面教授的是我们博大精深的汉家儒学，是真正的经世致用之学，而不是顽固不化的八股文！一切满清强加或是篡改的东西，都只有破而后立，方才能恢复昔日之观！”跟着看了看左宗棠已经剪掉的辫发，微微一笑说道：“我们能剪掉有形的辫发，但两百年来，心中的辫发又能否去掉呢？”

他的这句话乃是脱胎于《建党伟业》中辜鸿铭所说的话，眼下太平军要打破旧世界，推翻满清，重建汉家王朝，其实最大的障碍便是人们心中的辫子。石鼓书院就像一面满清儒学的旗帜那样，和顽固的思想一直深入人心，就算左宗棠剪掉了辫子，但他意识之中，还是潜移默化的担心起石鼓书院的前途，所以萧云贵特意说了出来。左宗棠听了之后，果然心中一凛，低头思忖起来，口中不时喃喃念道：“有形的辫子，无形的辫子？”

萧云贵也不打扰他，以左宗棠的才智，这个问题得由他自己想明白才是，当下退到一边专注的指挥起战事来。

但接下来的战事就不顺利起来，太平军运至花药山的劈山炮多是四百斤的小炮，萧云贵命人将东岸的千斤大炮尽快运过来。但太平军的炮队在催促声中运炮过东洲岛浮桥时却发生了意外，东洲岛浮桥乃是昨夜连夜赶制出来的，颇为粗糙，人马和四百斤的炮通过都有些晃晃悠悠，后面千斤炮上来后，那浮桥抵受不住重压，竟然断裂开来，一门千斤炮沉入了水中，好在炮手落水有会水的同伴救起，没有死伤，但浮桥断了造成东西两岸运兵运粮都不畅起来，萧云贵不得不号令暂缓攻城，命各军先抢通浮桥再说。

后来坏运气接踵而至，城南的攻城战因为炮火未至、浮桥断散而暂时停顿，北面右路军李开芳、李以文