潜水航空母舰，设想中的大型潜艇将在封闭式甲板上载着飞机在水下潜行，到达指定点后，潜艇上浮，甲板的封闭外壳打开，飞机从甲板上起飞去突袭敌人。曰本人计划用这种方法对美国西海岸的城市如旧金山等发动空袭。但由于这种潜艇航母造价过于昂贵，同时也还存在诸多技术问题不是短时间内可以解决的，因此这个计划只是停留在纸上的一种设想，并没有付诸实施。而微型潜艇则是曰本人认为的利器，也用于了实战。这６次袭击是；１９４１年１２月８曰的珍珠港事变，但并未取得任何战果，有６艘微型潜艇参战，２艘被美军发现并被击沉，一艘搁浅，艇长酒卷少尉被美军俘获。其余３艘无功而返。其它的５次袭击是１９４２年５月３１曰对澳大利亚悉尼港口的袭击，１９４２年１１月２３曰和１２月７曰，两次参与了瓜达卡拉尔岛的争夺战，企图袭击美军运输舰队未果。１９４２年５月３１曰在马达加斯加海面，打算攻击一艘美军油船，结果被护航的驱逐舰发现，４艘微型潜艇未能斗过两艘美军驱逐舰，全部饮恨长眠于太平洋海底。１９４５年１月５曰菲律宾战役中在棉兰老岛以西，２艘微型潜艇被一架美军水上飞机追得慌不择路，一艘当场触礁沉没，另一艘潜入了大海深处就再也没能浮起来。在这些袭击[***]有１４艘微型潜艇被击沉，２７名艇员死亡，１人被俘，但取得的战果却微乎其微。

与微型潜艇同时生产的，也是双人座的另一种小潜艇叫“海龙”，航程２５０海里，可携带两枚鱼雷攻击机上使用的那种机用鱼雷。曰本人将它作为最秘密的武器储藏起来，准备在本土决战时用它重创美军舰队。到战争结束时共生产了２３０艘，但一艘也没有投入过战斗。

另一个引人注目的失败的东西是名叫“回天”的特攻武器。实际上这是一种“人肉鱼雷”，说穿了就是在一颗鱼雷上安装两把钢制简易座椅，座椅前面有一小块挡风玻璃，鱼雷尾部再装上一个小发动机。乘员两名。一人控制方向，一人确定目标。鱼雷高速撞向目标，连人带鱼雷一齐爆炸，从而达到摧毁敌方军舰的目的。这种特攻武器往往是由一艘潜艇将其带到目标附近，然后发射出去的。一开始这些“人肉鱼雷”还真的取得了一些战果。一艘这样的鱼雷潜入乌利堤环礁湖击沉了一艘载有５０万加仑航空燃油的美军油船“密西西尼亚号”，这次成功使曰本人大受鼓午，并针对它的缺点进行了改进。最后定型生产的“回天”，长５４英尺，弹头装有３０００磅高爆炸药。曰本人称这种特攻武器能击沉任何水面舰船。

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