命为东扬州刺史、离开建康前往会稽坐镇。

会稽虽然也是地处三吴，但其地接东阳、晋安等诸郡县皆为地方豪强势力所把持，并不处于南陈的权力核心，侯安都此去也算是形同发配。只不过陈霸先仍然感怀故义并爱其忠勇，在这样的情况下将其发往东南，既能避开国中人事纠纷，也能顺便震慑平定那些地方豪强。

在将侯安都安排完毕之后，陈霸先又召来在京口坐镇的另一个侄子陈昙朗，着其作为使者前往弘农拜见唐王，并持自己亲笔书信前往解释致歉，顺便代替返回国中的陈昌和陈顼，作为质子留于魏境之中。

为了凑齐前往魏国赔礼道歉的礼货，他甚至让后宫皇后并诸妃嫔们将各自金银首饰全都捐出，融金铸器以为赔礼，姿态可谓放得极低，态度极为诚恳。