即诛杀元凶薛仁杲，及其余党成员，以祭奠唐军将士的亡灵。

父亲李渊的这道诏命，无疑给李世民出了个难题。杀一个薛仁杲，倒不是什么难事，薛仁杲生性残暴，且心胸狭隘，在陇西素来不得人心。杀掉薛仁杲，不会引起西秦旧部太大的波动。可是，薛仁杲爪牙甚多，一旦杀了他们，必将会造成西秦降兵、降将中的不安，甚至会酿成兵变，摊上大麻烦。

要知道，李世民费尽千辛万苦，才打败了薛仁杲，平定西秦，又好不容易推行安抚、怀柔之策，稳定住了陇西的局势。现在，这一刀如果真的砍了下去，所有的辛苦努力，都将付之东流。很显然，李渊在这个时候，有些意气用事的成分。

不过，关键时刻，有人及时阻止了李渊的意气用事，谁呢？李密。前文提到过，武德元年(618年)十月，李密在洛阳北邙山之战，被王世充所部重创，十万瓦岗军几乎全军覆没。无奈之下，李密只得率领两万残兵，西入关中，投奔李唐。

李密率部投唐，唐高祖李渊非常重视，不断派遣使者，前去慰劳。后来，李密进入长安后，李渊表面看上去，对他还是不错的，礼遇有加，任命李密为光禄卿，封邢国公。所以，李密这个时候是唐朝的臣子，对于唐高祖要杀尽薛仁杲及其爪牙的决定，李密及时向高祖进谏道：

薛举虐杀无辜，此其所以亡也，陛下何怨焉！怀服之民，不可不抚！ (《资治通鉴》)

听完李密的谏言，唐高祖觉得很有道理。此时的李渊，也恢复了应有的理智，保持了一个政治家的冷静。于是，唐高祖李渊再次下令，让李世民处决掉主要的元凶战犯，其余的人全部赦免，不牵连一人。就这样，在李家父子的通力协作下，唐王朝终于完成了平定西秦后的收尾工作。

武德元年(618年)十一月二十二日，秦王李世民率领唐军，凯旋班师，返回长安，献捷于太庙。不久，薛仁杲以及手下主要将帅数十人，被全部斩于闹市。至此，薛氏政权正式谢幕。

之后，唐高祖李渊开始论功行赏，大飨将士，对平定西秦的有功之臣，进行慰劳封赏。由于刘文静、殷开山二人，此次跟随李世民平定西秦，立有战功，故而功过相抵。没过几天，刘文静被拜为民部尚书，领陕东道行台左仆射；殷开山恢复爵位。并且，唐军班师回京后，一次，李渊召见群臣，以薛氏覆亡为例，说了这样一番语重心长的话：

诸公共相翊戴以成帝业，若天下承平，可共保富贵。使王世充得志，公等岂有种乎！如薛仁果君臣，岂可不以为前鉴也！