驾亲征却遭遇了“土木之变”，当时京军50万大军几乎全军覆没。虽然死的人并没有那么多，但是其他的人全都逃走了。而就是在这个时候京军开始走了下坡路了。

景泰年间，景帝命兵部尚书于谦整顿京营。于谦认为三大营各为教令，有战事时，临时调拨，兵将不相习。乃设立团营。从三大营中共选15万人，分10营。称团营。京军之制为之一

变。人数也从五十万人变成了十五万人左右。而后来英宗复辟，于谦被杀，团营制被废除，恢复三大营旧制。京军的总数再次有所提升但是却不明显，仅仅恢复到了23万左右的规模。

而刚刚被朱厚照废除了的十二营就是在称呼年间形成的，成化年间宪宗皇帝恢复团营制，增为12营，称奋武、耀武、练武、显武、敢勇、果勇、效勇、鼓勇、立威、伸威、扬威、振威。每营万人，各分为五军。三千营、神机营仍领马队、火器。当时共从之前的京军之中选出14万人，3000余人为选锋。又以山东、河南、江西精兵为班军。春秋番上京师，共计25万人。

到了这个时候京军的人数又一次提升，但是只增加了两万人而已。并且之后没几年的时间京军便再一次迅速的走了下坡路了。当时成化皇帝重用西厂都督汪直，后来京军便到了汪直的手中了。之后京军便迅速的衰落了，再加上后来即位的孝宗皇帝也不重视军队建设。营军久困于工役，缺伍多，颓靡不振，京军继续荒败。历史上到了武宗皇帝即位的时候二十余万京军却仅仅剩下了60500余人，凡是稍微有点势力的和精壮的劳力都想方设法的离开了京军，剩下的六万多一点的人还全都是那些老弱残兵。

不过好在这一世有了一个新的朱厚照的出现，京军的荒败终于被朱厚照在中途的时候给挽回了。孝宗皇帝不重视军队但是朱厚照却恰恰相反，所以在朱厚照接管神机营之后虽然自己明面上管不着十二营的军卒，但是朱厚照靠着和孝宗的父子关系确是成功的说服了孝宗下大力气整顿十二营。当时京军三大营全军加起来才只剩下了八万多人。排除了当时神机营的人马以及三千营的人马，十二营仅仅还有七万人左右。除了当年土木堡之变全军覆灭之外京军就没有这么荒败过。

在朱厚照出银子、出力气、出主意的劝说之下孝宗皇帝终于下大力气整顿了京军，特别是十二营。当时十二营仅剩下的七万人直接被排除了五万多人的老弱病才，然后孝宗又花了大把的力气与银子重建十二营。在孝宗重视以及待遇丰厚的利诱下短短的几年的时间里，十二营从一万多人一